国际小水电中心为水利部直属事业单位，同时也是国际小水电组织（国际小水电联合会）、联合国工发组织国际小水电中心的总部。中心对国外，主要承担其委托的多边合作、南南合作以及对发展中国家的小水电项目援助工作。对国内，作为水利部直属的事业单位，承担水利部和国家有关部门委托的工作任务，按照国家有关事业单位管理规定进行管理。